Desde su apertura en 2003 el Museo MARTE exhibe una muestra  de arte salvadoreño con obras de su colección, de colecciones privadas y préstamos de artistas. Esto lo hace a través de exposiciones semipermanentes que actualiza cada cinco años para ofrecer nuevas perspectivas y recorridos de la producción de arte salvadoreño adaptadas al contexto social, brindando un amplio panorama del arte salvadoreño de mediados del siglo XIX hasta la época contemporánea. ​

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Así mismo, MARTE mantiene un programa de exhibiciones temporales que ha permitido que se presenten propuestas colectivas de artistas contemporáneos. A través de retrospectivas se propone abordar la producción artísticas de un artista consagrado y rendirle homemaje

a su trayectoria y recorrido artístico.